方苞提出的另一个开创性建议是添加句读：“旧刻经史，俱无句读，盖以诸经注疏及《史记》、前、後《汉书》辞义古奥，疑似难定故也。因此纂辑引用者，多有破句。臣等伏念，必熟思详考，务期句读分明，使学者开卷了然，乃有裨益。”(27)军机处议覆对此建议也表示赞同：“《十三经》经文因有注疏详明，句读易晓，晚唐以後史书亦无难读者。至注疏及《史记》《前汉书》《後汉书》以及《三国志》《魏》《晋》等书俱使句读分明，自属有益学者。”(28)可见当时计划《十三经》经文、注疏和晚唐以前所修诸史皆加句读。《十三经》的注疏合刻本，自南宋八行本而下，南宋福建刻十行本、元福建刻十行本、明嘉靖李元阳福建刻本、明万历十四年至二十一年北京国子监刻本、明崇祯元年至十二年毛氏汲古阁刻本，经文、注疏皆无句读。经文、注疏皆施句读自殿本始(29)，殿本之後的嘉庆阮元南昌府学刻本亦无句读，迟至二十世纪九十年代，才又出现了新式标点本。殿本的句读给清代读者带来了极大的便利，对我们今天标点《十三经注疏》仍具有重要的参考价值。此亦方苞之功。遗憾的是，诸史并无句读，未能按原计划办理，这与後来方苞的离职可能不无关系。
    《十三经注疏》《二十二史》工程量大，所需版片数量甚巨，如校勘稍有不慎，“遗落一句数字，即需重刻数十板，劳费甚大”。所以方苞提出：“必更番校对，一字无讹，始可写样。必样本对清，始可登板。”(30)而不可限期催促。
    关於校勘步骤，方苞提出：
    臣等拟择原在殿编校编检、庶吉士(《全集》作在殿编校翰林)十二人合同分派，先对《十三经》，互稽经传以考舛误，限八月内将底本全完(《全集》作对完)。 臣等细加斟酌，缮折进呈御览。然後次及《史记》《前汉书》《後汉书》《三国志》。四史皆有注解，亦宜详勘。以下诸史，则参伍旧本，增改落字、错字，加功较易矣。(31)
    可见计划校勘是先经後史，史书中对有注解的前四史着力更多。莫友芝云：“《史》《汉》等前数部校对差善，六朝及《宋》《辽》《金》等即与北监无异。”(32)莫氏对殿本的评价或有可商，但也反映出殿本各史校勘质量不均的情况。方苞所拟此项计划爲这种不均埋下了伏笔。
    明代所刊经史，款式不一，“每卷之首止列校刊职官姓名，而汉唐先儒转附第一行，某卷之下且或止称某氏，或具姓名乡里，或并详官阶封邑”。此次武英殿重刊经史乃奉敕办理，自应整齐划一。方苞提出仿照明万历间冯梦祯主持刊刻的南监本《史记》，“王大臣监修校勘列於目录之前，汉唐先儒列於每卷之前，分校诸臣列於每卷之末。卷内若有遗讹，则分任其责者无可推诿，庶几各竭心力”(33)。核之殿本，校刻职名表仅载於首经(《周易》)、首史(《史记》)书前，分校姓名仅载於各书书末，与方氏原拟稍异。
    古代刻书所用版片会因乾湿的变化而缩涨，造成刷印时边框长短不齐，所以装订时一般仅要求书口版框下綫对齐。而清初内府装订书籍要求更高，尤其是进呈御览之书，上下綫均要整齐一致。虽然内府所用板材多爲优质枣、梨木，且要经过自然乾燥、人工烘乾等工艺处理，但木版毕竟有老穉之别，刷印时还要“或烘板使短，或煮板使长，终有参差，仍用描界取齐”。这种做法对版片损害很大，“数烘数煮，板易朽裂。凡字经刳补，木皆突出散落，再加修补，则字画大小粗细不一，而舛误弥多”。方苞因而提出：“经史之刊，以垂久远，若致剥落，则虚糜国帑。伏乞特降谕旨，即进呈之本，亦止齐下綫，不用烘煮，庶可久而不敝。”(34)方苞的建议得到批准，此後武英殿即“永远遵行”(35)，不再烘板、煮板，书版得以更加长久的保存。这是清代内府刻书史上的一个重要变化，方苞之功应该肯定。
    方苞所奏校刊程式全面而合理，得到肯定，成爲此次校刊经史工程的纲领性文件，其後整个校刊活动即基本按此进行。
    乾隆四年五月至五年三月，管理层发生了很大的人事变动。五月十三日，方苞因事被革去所有职务，“专在三礼馆修书”，“其武英殿事务着陈大受、刘统勳管理”(36)。十月十六日，高宗因庄亲王允禄与弘皙等结党营私事，下旨惩治庄亲王，虽令其“仍管内务府事”，但指出“伊身所有职掌甚多，应取应留，着自行请旨”(37)。此後，和亲王弘昼亦参与办理内务府总管事务(38)，校刊经史事乃转由其管理，故职名表中监理官署弘昼之名。十一月十七日，任内阁学士张照爲武英殿总裁(39)。五年三月，又任许希孔爲总裁，与张照一同办理武英殿事务(40)。
    陈大受任总裁时间较短，大致在乾隆四年五月至十一月(41)，其间《十三经》“渐已校完”。至张照爲总裁时“陆续进呈”，随即上板刊刻(42)。张照於各总裁中在任时间最长，功劳亦最大。虽曾於乾隆六年二月至八月间告假离京省亲(43)，并於乾隆十年正月在丁忧回籍的途中病故(44)，但在任期间坚持应撰写《考证》的主张，并对校勘人员进行了调整与补充，使得校刊经史活动得以顺利、高效的进行，保证了工程的高质量完成。许希孔在任事迹较少，仅知曾於乾隆六年张照告假在籍期间与和亲王弘昼一起进呈过刻成的四经(45)。
    在校刊经史的过程中，除总裁等高层外，具体的办事人员也有过一些变动，这些调整都是由张照一手办理的。
    起初方苞上奏校刊程式时，推荐在殿翰林詹事府正詹事陈浩、左庶子周学健、翰林院侍读学士吕炽、编修朱良裘四人负责校勘事宜(46)，四人後被任命爲总办。张照任武英殿总裁後，曾於乾隆五年二月上奏，认爲对负责校勘的翰林应“详加拣选”。但军机大臣议覆认爲：“现在总办官陈浩等四员俱经奏明，其余翰林亦系节次挑取补用之员，所办校对经史等事尚可胜任，且行走渐已熟习，似无庸另加拣选。”(47)未接受张氏建议。但张照还是推荐了钦天监博士张永祚入经史馆校《二十二史》的《天文》《律历》诸志，以用其所长，保证了校勘质量(48)。乾隆六年二月十七日，周学健升署理刑部右侍郎(49)。五月，陈浩因事革职(50)。总办四人仅存其二，张照又认爲“吕炽於四人中本属不及，惟存朱良裘一人”，人力不足，乃於七年六月初七日上奏请令长於史书的工部侍郎德龄兼经史馆总裁行走，并请仍令陈浩在经史馆行走，与朱良裘同任提调。同时，建议仍由周学健分司《三礼》考证，陈浩分司《三传》考证。至於刊刻经史外的杂项差使，则请令励宗万爲总裁，专司其事(51)。
    当时面临的另一个棘手问题是校勘翰林的“兼馆办事”。经史馆负责校勘工作的翰林并非专任，其任命并不经过高宗谕旨批准，而是“於各馆翰林内咨取兼办”，其人仍属原馆。如周学健、杭世骏等俱兼三礼馆事。由於校勘经史仅爲兼差，武英殿又不“专给公费”，翰林们仅“以余力及之”，“难免日渐废弛”，影响了工程质量与进度。乾隆五年二月张照曾就此事上奏：“请以後武英殿行走并皆开列请旨补用。”张氏建议得到批准：“嗣後武英殿翰林遇有更换补用之处，俱令该总裁奏明请旨，着爲定例遵行。”(52)但这仅是增加了一个表面上的程序，并没有改变校勘经史的兼差性质。乾隆七年六月初七，张照再次就此问题上奏，提出解决办法：
    现在分校各员，兼别馆行走，每以别馆事忙爲辞。若不解而更张，必同道旁筑舍。请行文各馆总裁，如实系该馆不可少之人，即行知臣馆出缺，另行拣选奏补。如非该馆不可少之人，亦於咨内声明，臣等酌其才力尚可兼走者毋庸改更外，或度其力不能兼，一并出缺，另行拣选奏补，务令人得其用，庶几刊刻易成。(53)