通过对人员的重新拣选，仅留下才力确能兼任两馆事者，明确了职责，确保了充足的人力。经过此次人员的调整与补充，校刊经史进一步走上正轨。
    乾隆十一年底，全部经史校刻告竣，十二月十七日由和亲王弘昼等上表进呈，计《十三经注疏》三百四十六卷十七函、《二十二史》二千七百三十一卷六十五函(54)。经史进表後各附校刻《十三经》诸臣职名、校刻《二十一史》诸臣职名表。十二年二月朔，高宗作《御制重刻十三经序》《御制重刻二十一史序》，冠於首经(《周易》)、首史(《史记》)前。三月，经史馆正式告成，议叙提调、编校、校录、监造诸官(55)。
    乾隆四年至十一年间，各经、各史的校刊工作是陆续完成的。如《周易注疏》校毕进呈在乾隆四年冬，乾隆五年刊刻完成(56)。《尚书》《诗经》《仪礼》《礼记》《左传》及《尔雅》六经则於乾隆四年十二月二十四日校竣进呈(57)。进呈後，各书随即开雕。但也有部分经书又进行了进一步的校勘。如《礼记注疏》齐召南跋云：“乾隆四年特命重刊……在馆诸臣遍蒐善本，再三雠对，是正文字，凡六年始付开雕。”则《礼记》虽已於乾隆四年底进呈，但刊刻却迟至乾隆九年。《汉书》刊刻完成在乾隆十年五月前(58)。《旧唐书》乾隆八年正月开始校勘，乾隆九年正月与《考证》一并进呈。《新唐书》的校勘工作则在乾隆九年正月至十年正月(59)。
    《考证》的编写与各经史的校勘活动在时间上并不完全一致。按照方苞拟定的计划，校勘经史时，对於改正的监本错误，应贴签説明“改正之处所据何本、所托何义”，进呈钦定，并刊刻在各卷之末。但在方苞被革职後，这一计划并没能严格执行。虽然校勘时於改正之处仍加签説明，但仅是爲进呈御览，事後并未进行编辑加工。张照十分赞同撰写《考证》的意见，但乾隆六年他告假在籍期间，总裁许希孔并未认真执行此事，许氏移交和亲王进呈的刻竣四经和张氏返京之初进呈的《史记》、七年六月进呈的五经均无考证(60)。乾隆七年六月初七张照上奏强调《考证》的重要性，并提出重新编辑《考证》的建议：
    伏思方苞奏定卷末刊载考证，极有伦理，盖学问无穷，不可以今日一时所见爲定。或原本别有意义，而今日所据之本转有未合，实所难定。惟将考证详载於末，则後人得见前本是非，听其论定，果有未合，既不致求益反损，而合者自必十分之九，又足以彰圣朝，此举实有裨益。但原签系进呈口气，且有例见於前则後不重标之处，若逐卷开载垂後，自必一一声明。所以考证另须编辑，不能即将原签抄录也。今在事翰林见书已进呈，便以考证爲蛇足，益复懈弛。理合奏明，令诸翰林上紧编辑进呈钦定，与《十三经》一同刊颁。(61)
    《考证》作爲殿本经史的一大特色，具有很高的学术价值，却因馆臣的懈怠而濒於流产。张照作爲此次校刊活动的负责人，深切地了解《考证》的价值所在，正是由於他的坚持，才使得《考证》的撰写走上正轨，张氏之功不可忽略。
    其後即按所奏办理。已刻竣或已校毕之书，着人另行编辑考证。如《周易注疏考证》即交由朱良裘、陈浩、李清植三人编辑(62)。《史记考证》条目多出杭世骏之手，但乾隆八年二月，杭氏因言获罪革职，《考证》的最终编定当出他人(63)。剩余各书则校勘与考证一同办理，待完成後一并进呈、刊刻(64)。各经史《考证》的编辑，齐召南出力尤多，他以一人之力承办《尚书》、《礼记》、《汉书》三书《考证》的编辑工作(65)，并撰写了《尚书》《礼记》《左传》(代陈浩)、《公羊》《谷梁》《汉书》六书的跋语。根据《宝纶堂文钞》各“进呈考证後序”所注时间可知，《左传考证》、《谷梁考证》成於乾隆八年五月，《公羊考证》成於乾隆八年十月(66)。《尚书考证》的编纂也在乾隆八年完成。九年初，齐召南丁忧回籍，高宗仍命在籍编辑《礼记》《汉书》二书《考证》，并将新刻成的殿本《前汉书》送交其家。齐氏於本年七月编成《前汉书考证》稿本四十卷，九月编成另六十卷，交本县送递京城(67)。其他各书的校勘与《考证》编写工作亦多有他参与。
    由於大部分经书和《史记》刻成在前，《考证》编辑在後，所以存在一些《考证》与正文不一致的地方。如《史记》张照跋云：“其注有三，曰《集解》，曰《索隐》，曰《正义》……其於已刊之後，复搜得之者，则又见於《考证》中，以补其遗。”後来发现的注文无法补入原书，只能附载於《考证》。各书《考证》末附跋语，详述各经史源流及校勘情况，与《四库提要》类似，极见学术功力。今所见殿本经史所附跋语与馆臣文集所载原稿稍有差异，盖刊刻前曾经润色处理(68)。
    三、《辽》《金》《元》三史之改译与重刊
    辽、金、元三代由少数民族统治，因而《辽》《金》《元》三史中的人名、地名、官名、物名等多涉及当时的民族语言，即所谓“国语”。译名多爲音译，後人难明其意，所以三史均附有《国语解》，解释这些译名对应的汉语语义。乾隆初刊刻《二十二史》，三史皆以北监本爲底本，译名一仍其旧。但其後高宗却认爲三史译名多谬误且不雅驯，下旨改译。此事始於乾隆十二年改译《金国语解》，三十三、四年进一步扩大到重编三史《国语解》。至乾隆末，三史改译与重编之《国语解》基本完成。《辽金元三史国语解》随即付刊，《辽》《金》《元》三史却因与重编《国语解》颇不一致而使修版迟迟不能完成。此事迁延日久，嘉庆二十三年方确定以《辽金元三史国语解》爲依据，道光三年末修订完成，四年将三史上版重刻，七年刻成。至此，三史改译才最终结束。现将此过程详考如下。
    《二十二史》刻成不久，高宗又命对《辽》《金》《元》三史中的译名进行改译。改译始於《金国语解》。乾隆十二年七月十八日上谕：
    近因校閲《金史》，见所附《国语解》一篇，其中譌舛甚多。金源即满洲也，其官制、其人名，用本朝语译之，历历可见。但大金全盛时，索伦、蒙古亦皆所服属，幅员辽广，语音本各不同。而当时惟以国语爲重，于汉文音义，未尝校正画一。至元臣纂修，又不过沿袭纪载旧文，无暇一一校正。讹以传讹，有自来矣。即如所解之中，或声相近而字未恰合，或语似是而文有增损。至於姓氏，惟当对音，而竟有译爲汉姓者。今既灼见其谬，岂可置之不论。爰命大学士讷亲、张廷玉、尚书阿克敦、侍郎舒赫德，用国朝校定切音，详爲辨正。令读史者咸知金时本音本义，讹谬爲之一洗。并注清文，以便考证。即用校正之本，易去其旧。其坊间原本，听其去留。庶考古信今，传世行远，均有裨焉。(69)
    《金国语解》原有小序，分官称、人事、物象、物类、姓氏五项。改译本题《钦定国语解》，删去小序，仍就其原有诸项，於各条下加注汉文新译名及满文，少数条目有简短考证，版心镌“乾隆十二年校刊”字样。此次改译仅限於《国语解》，且仍保持其原有格局，《金史》正文未改动。由於工程量不大，改译和刊刻应不久即完成，此後印本即用改定之《国语解》。